Puzzle é uma sidequest que foi adicionado ao Kingdom Hearts II Final Mix. Como o nome implica, o minigame consiste em simples quebra-cabeças de diferentes peças de arte que podem ser montados a partir de peças encontradas durante o jogo. Concluir com êxito um dos quebra-cabeças, encontrando todas as suas peças e montá-los corretamente irá resultar em uma recompensa para Sora.
Como Sora e seus amigos viajam por vários mundos, eles veem as peças do puzzle, representada por coroas de prata. Há 144 peças de quebra-cabeça em tudo, e cada peça se encaixam em um dos seis quebra-cabeças. Os primeiros quatro quebra-cabeças composto por doze peças, enquanto os dois últimos são maiores enigmas e composto por quarenta e oito peças cada um. Os quebra-cabeças e suas peças podem ser acessados através de Jiminy's Journal; As peças não entrarão automaticamente no local correto no puzzle correto, mas deve ser selecionada, deve-se mudar a peça de lugar com o stick analógico esquerdo, e rodada com o direito até que estejam no lugar certo.
No entanto, algumas peças Sora não pode ser capaz de conseguir, porque ele não tem as habilidades adequadas. O minigame Puzzle incentiva o jogador para avançar mais os níveis das Drive Forms. Muitas das peças do puzzle podem exigir Sora saber High Jump de Valor Form, Aerial Dodge de Master Form e Glide de Final Form.